Der einzigartige Wert des Böhmerwaldes, der zusammen mit dem benachbarten Bayerischen Wald in Deutschland eines der letzten zusammenhängenden, durch die Zivilisation nur wenig berührten, Gebiete Europas darstellt, war Grund dafür, dass der Böhmerwald im Jahre 1963 zum Naturschutzgebiet erklärt wurde. Damit wurden die über Jahre dauernden Bemühungen einer Gruppe von Enthusiasten und Naturliebhabern belohnt, und inmitten Europas entstand ein einzigartiger zusammenhängender Naturkomplex, der voll verschiedener Naturformen - Torfmoore, Seen, Bergkämmen, Wäldern und Hochfluren - ist.
Für die Vielfältigkeit der verschieden Entwicklungsstadien, die Buntheit der Landschaft und auch die außerordentliche Erhaltung und unbestrittene Schönheit der Natur wird dieser Komplex von anerkannten Fachleuten in der Welt geschätzt, und sein Wert wird in Zukunft noch steigen. Nach der Ernennung des inneren Kerns des Naturschutzgebietes zum Nationalpark (1991) hatte das Naturschutzgebiet Böhmerwald eine Fläche von 99 624 ha., 27,4 % davon ist landwirtschaftlicher Boden, 57,6 % Wälder, 0,4 % bebaute Fläche und 14,6 % Sukzessionsboden. Der höchste Punkt des Naturschutzgebietes ist der Boubíngipfel – 1362 m ü.M.
Der ursprüngliche Stamm freiwilliger Naturschützer wurde im Gebiet des Naturschutzgebiets Böhmerwald stufenweise durch professionelle Mitarbeiter ergänzt, welche heute in der gemeinsamen Verwaltung des Nationalparks und des Naturschutzgebietes Böhmerwald in Vimperk arbeiten.
Auf dem Gebiet des Naturschutzgebiets befinden sich viele bedeutende Naturlokalitäten, die einen besonderen Schutz erfordern und sich bei den Besuchern außergewöhnlicher Aufmerksamkeit erfreuen. In Vimperk und Umgebung sind das z.B. das Nationale Naturreservat Boubíner Urwald (Kubany-Urwald – wurde bereits im J. 1858 zum Reservat erklärt), Bílá strž (Weiße Schlucht) mit einem 13 m langen Wasserfall oder Černé und Čertovo jezero (Schwarzsee u. Teufelssee), Naturreservat Amálino údolí, Čertova stráň, Datelovská strž, Losenice, Nebe, Milešický prales (Urwald) oder Zhůřská stráň und die Natursehenswürdigkeiten des Flusses Blanice (größte europäische Population von Flussperlmuscheln), Královský hvozd (Königsforst) oder Poušť (außerordentlich großes Vorkommen der Ameisen Formica polyctena).
Im Naturschutzgebiet Böhmerwald leben Dutzende von bedrohten Tier- und Pflanzenarten. Zu den bekanntesten Tierarten zählen z.B. Kreuzotter, Buntspecht, Auerhahn, Luchs oder Fledermaus.