Als die Hohlwege des Goldenen Steiges vereinsamten und das Salz die Bewohner von Vimperk nicht mehr ernähren konnte, wurde das Glas zu einer neuen Einkommensquelle. Die Glashütten entstanden in der Gegend von Vimperk bereits im Mittelalter, und zwar in der Nähe des Goldenen Steiges. In den Wäldern des Grenzforstes gab es nämlich genug Holz, das in großen Mengen zur Glasherstellung benötigt wurde. Zu einem richtigen Aufschwung der Glasindustrie kam es jedoch erst nach dem Dreißigjährigen Krieg, und insbesondere im 18. Jahrhundert, nach dem Verfall des Goldenen Steiges. Inmitten der weitläufigen Waldgebiete entstanden gerodete Flächen um die prosperierenden Betriebe, und nachdem in der näheren Umgebung kein Holz mehr vorhanden war, wurden oft die Glashütten aufgelöst und an einem anderen Standort im unberührten Wald neue gebaut. Vom 16. bis 18. Jahrhundert gab es in der Gegend von Vimperk viele Glashütten, und einige von ihnen leben wenigstens in den Ortsnamen weiter: Korkusova, Kubova, Vltavská, Tomášova, Šeravská, Janouškova, Kryštofova, Žlíbská, Březská, Magerlova und viele andere.
Weltweit war die ursprüngliche Janouškova Glashütte am Bach Helmbašský am bekanntesten, welche später nach dem bedeutendsten Glaser der Gegend, dem Hüttenmeister Michal Müller in Michlhütte umbenannt wurde. Dieser entdeckte im selben Jahr, in dem der polnische König Jan Sobieski die Christen vor der Niederlage durch die türkische Armee bei Wien rettete, 1683, die Herstellung des schönen weißen Glases, das kristallähnlich war und Kreideglas genannt wurde. Das Müller-Glas war rein und sehr hart und konnte durch Schleifen und Schneiden verziert werden. Mit dem Durchbruch dieses Glases auf den europäischen Märkten Ende des 17. Jahrhunderts endete die bisherige Vorherrschaft des venezianischen Glases, und es begann die Vorherrschaft des böhmischen Glases. Der Hüttenmeister Michal Müller führte als Erster auch die Herstellung von Rubinglase ohne Goldzusatz, nur unter Verwendung von Kupferoxid, ein.
Die Böhmerwalder Glaser aus Vimperk waren auf Grund ihrer Fähigkeiten und ihres Einfallsreichtums auch im Ausland begehrt. Die Winterberger Herrschaft verbot ihnen seit der Mitte des 18. Jahrhunderts aus diesem Grund, ins Ausland zu ziehen, d.h. die Gesellen durften nicht im Ausland auf Wanderschaft gehen. Die Glaser waren eine eigensinnige und schwer beherrschbare soziale Gruppe, sie zahlten aber nicht gerade kleine Steuern und Abgaben an die Herrschaft. Der "Adel" unter ihnen, die Hüttenmeister, gehörten zu den reichsten Menschen in Vimperk und Umgebung. Sie spielten die großen Herren, was Kleidung, Geldausgeben und Feiern anging, konnte keiner mit ihnen mithalten. Den einfachen Glasern, Meistern und Gesellen, ging es nicht so gut, aber auch sie lebten nicht schlecht und waren in der Zeit der Leibeigenschaft freie Menschen.
In den zwanziger Jahren des 18. Jahrhunderts kam es zu einer Krise; zu viele Glashütten erzeugten zu viele Produkte, die den Markt überfluteten, und der Absatz sank. Die Situation der Winterberger Glaser verschlechterten zudem die Eggenberger, die die vernichtende Wirkung der Glasindustrie auf die Wälder erkannt hatten und begannen, sie zu schützen. Damit endete der Ruhm der Glashütten in dem Gebiet unterm Boubín. Zu einer Art Wiedergeburt kam es am Anfang des 19. Jahrhunderts, als der Glaser Josef Meyr aus Nové Hrady eine Glashütte bei Vimperk gründete. Ihre Produktion fing im Jahr 1816 an und breitete sich bald auch außerhalb der Stadt aus. Der Nachfolger und Sohn von Josef Meyr, Jan, weihte seine Neffen Vilém Kralik und Josef Taschek in die Glasherstellung ein und sie bauten zusammen eine neue Glashütte an der Moldau unterm Boubín. Ihr erster Ofen wurde im Jahr 1834 angezündet. Sie wurde nach der Ehefrau des damaligen Großgrundbesitzers, Eleonora von Schwarzenberg, benannt. Damit begann die berühmte Glasherstellung in Lenora (Eleonorenhain), die zusammen mit der ursprünglichen Glashütte in Vimperk (Adolfov) und der weiteren Glashütte in Nové Hutě (Kaltenbach) weltberühmt wurde und zur Wende des 19. und 20. Jahrhunderts goldene Medaillen bei den Weltausstellungen gewann. In Vimperk entstanden weitere zwei Glashütten (Idatal und Luisina Hütte), und unter der Führung der Familie Kralik entwickelte sich die Glasherstellung um Vimperk erfolgreich auch im 20. Jahrhundert. Die Glasproduktion wurde auch in der verstaatlichten Glashütte fortgesetzt, im Jahr 1995 wurde sie aber nach einer misslungenen Privatisierung ganz eingestellt.